Se encuentra en fase de consulta el programa de conservación y manejo que elaboraron la UNAM, la Fundación Ecológica de Cuixmala, AC, y la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (Conanp) para los doce islotes e islas que forman el Santuario de la bahía de Chamela, de 1,982 hectáreas, uno de los reductos insulares más espectaculares y valiosos del Pacífico mexicano.
El documento de 149 páginas fue presentado a la opinión pública desde noviembre de 2008, y plantea un modelo de administración que no ha dejado de crear polémica entre los moradores de la región de influencia. Por un lado, las cooperativas de pescadores reclaman ser tomadas en cuenta y expresan su antiguo recelo contra la Fundación Ecológica de Cuixmala, AC, instancia privada con la que han sostenido largos diferendos por la posesión de playas, a la cual exigen abrir la coadministración de la reserva, pues ellos son sus principales usuarios, por la pesca y los servicios de recorridos turísticos.
Por otro lado, la Universidad de Guadalajara ya expresó su interés en participar en el proceso de manejo, lo cual podría ser formalizado por el propio rector, Marco Antonio Cortés, en las semanas siguientes.
Esa propuesta corrió a cargo del Departamento de Estudios para el Desarrollo Sustentable de Zonas Costeras de la UdeG, bajo los argumentos de que "existe investigación científica realizada por nuestros investigadores; se están elaborando por parte del departamento los ordenamientos ecológicos de los municipios de Tomatlán, La Huerta [donde está el Santuario] y Cihuatlán; también desarrolla varios proyectos conjuntos con las cooperativas pesqueras".
Otro sector que espera ser tomado en cuenta es el del turismo, que ha sostenido, del mismo modo, un largo diferendo con las instituciones gestoras sobre los modos de ocupación del suelo que ha generado la actividad empresarial, juzgada "depredadora" en muchas ocasiones por los expertos de la fundación privada y de la propia UNAM.
Las islas de Chamela se encuentran desde 2006 dentro de la reserva mundial de la biosfera Chamela-Cuixmala, en el marco del programa El Hombre y la biosfera, de la Unesco, aunque su inclusión no tiene efectos jurídicos vinculantes para el gobierno mexicano (Público, 28 de octubre de 2006). Según el texto preliminar del Programa de Conservación y Manejo del santuario Islas de Chamela, decretado en 2002, el polígono del santuario abarca 1,981.4 hectáreas, "de las cuales, 74.8 ha corresponden a la superficie de tierra que emerge sobre el mar".
